Avec la mise en place de l'ATEXA (assurance accidents du travail des exploitants agricoles) en 2002, le prévention a été élargie aux "non salariés" de l'agriculture.

La santé sécurité au travail se compose du service "Prévention des risques professionnels" et du service "Santé au travail". Le Conseil d'administration de la MSA définit le programme d'actions qui est décliné dans les entreprises auprès des exploitants et salariés agricoles.

Une approche partenariale

L'expérience de la MSA acquise depuis plus de 30 ans montre l'importance d'inscrire l'action de prévention dans une dynamique partenariale (Chambre d'agriculture, FDCUMA, Asavpa, G.D.S, organismes de formation...). Cette dernière permet de mener des actions pertinentes  et d'assurer la mobilisation des professionnels.

Ainsi la démarche MSA se définit autour de cinq principes :

Participative : elle associe l'ensemble des opérateurs à l'identification des risques pour leur santé et/ou leur sécurité, à partir de l'analyse de leur activité de travail et à l'élaboration des solutions aux problèmes posés,

Pluridisciplinaire : elle associe les compétences des conseillers en prévention, des médecins du travail, des spécialistes techniques, de l'encadrement, des salariés...,

Globale : elle étudie tous les aspects du problème posé,

Inscrite dans le temps : elle nécessite un suivi régulier et des réorientations si nécessaire,

Spécifique à l'entreprise où elle se déroule.